En 1259, Mengo Khan mourut au Sichuan alors qu’il commandait l’armée d’attaque contre les Dong du Sud. En mars 1260, soutenu par une partie des princes et des princes et des ministres, Kubilay proclama Kaiping son successeur au poste de Khan. En ami, Arliboge proclama aussi Aletai son successeur au trône de khan, en racolant des membres de la famille royale et des aristocrates; par conséquent, une guerre acharne pour le poste de Khan éclata entre eux. En juillet 1264, Arliboge fut vaincu et obligé de se soumettre à Kubilay.
Ce dernier monta sur le trône. Après s’être soustrait aux forces conservatrices des aristocrates mongols, il entreprit immédiatement la réforme et établit un nouveau régime de domination d’après l’expérience de toutes les dynasties des régions peuplées de Han. On peut dire que l’accession de Kubilay au poste de Khan a marqué la transformation du Khanat mongol en une nouvelle dynastie de la Chine, à savoir la dynastie des Yuan. Auparavant, à la fin de 1260, Kubilay avait nommé Phagspa 《maître d’État》, lui octroyant le sceau d’or, et lui avait ordonné de gérer les affaires religieuses de tout le pays; et en 1264, il fit retourner Phagspa et son frère Qana Dorje de Dadu au Tibet. Avant leur départ, Kubilay offrit à Phagspa un 《édit incrusté de perles》 et conféra à Qana Dorje le titre de 《Roi du magnolia blanc》 et un sceau d’or. Le fait montre que tout cela concerne évidemment l’administration des affaires locales du Tibet. Pendant cette période, Kubliay créa au sein du gouvernement central le Conseil d’administration générale du bouddhisme, qui fut renommé en 1288 Xuanzhengyuan (Conseil des affaires de pacification) chargé de traiter les affaires bouddhiques du pays et les affaires administratives des régions peuplées de Tibétains. Phagspa fut nommé chef du conseil, et sous sa direction, le directeur général était chargé des affaires courantes. Il y avait en général deux directeurs mais le nombre varia plus tard entre un et dix.
Selon les documents historiques des Yuan, le Consil des Affaires de Pacification avait le pouvoir de choisir ses fonctionnaires de différents grades inférieurs qui pouvaient être des moines ou des laïques, Mongols ou Tibétains. Parmi les directeurs généraux. Le Tibétain Sangge, premier ministre du pouvoir de Kubilay, fut le plus célèbre. En tant que haut officier du gouvernement central, le directeur général était nommé directement par l’empereur. Cela montre que le système administratif du Tibet établi par Phagspa était conforme à celui du gouvernement central des Yuan et faisait partie du système administratif de cette dynastie.
Le fait que Phagspa dirigeait à la fois les affaires religieuses du pays surtout les monastères et les moines du bouddhisme tibétain et le Conseil des affaires de pacification marque que le concept de Kubilay et de Phagspa en matière de système administratif consistait à établir un système combiné d’administration des affaires politiques et des affaires religieuses, qui s’appliquait aux laïques autant qu’aux moines. Les hauts fonctionnaires des divers organismes établis au Tibet par le gouvernement des Yuan devaient être recommandés par le dishi ou le Conseil des affaires de pacification, et la liste de ces fonctionnaires était soumise à l’approbation de l’empereur; ce dernier leur conférait une plaque d’or ou d’argent, le sceau et la lettre de nomination. Selon les documents historiques en chinois et en tibétain, les aristocrates héréditaires et les moines du Tibet qui assumaient des fonctions publiques étaient recommandés principalement par le dishi, et les hauts fonctionnaires comme le chef de Xuanwei, le maréchal et le daluhuachi étaient recommandés par le Conseil des affaires de pacification. Ce conseil était chargé également de contrôler l’application des lois locales du Tibet, et d’envoyer des fonctionnaires au Tibet pour vérifier l’identité des habitants, régler les différents entre les chefs de wanhu (dix mille foyers) et réexaminer les affaires judiciaires. En outre, le Conseil des affaires de pacification devait coordonner avec le Conseil privé de l’empereur les affaires militaires du gouvernement central des Yuan au Tibet.